Согласно Житию, святой родился в 1464 году в семье новгородского посадника Ивана Климентова и его супруги Феодоры. Достигнув зрелого возраста, Иван занялся торговлей. Возвращаясь по Онежскому озеру из села Повенцы в Великий Новгород на нагруженной солью ладье, Иван едва не погиб во время бури. Он молился Пресвятой Богородице и свт. Николаю Чудотворцу, обещая принять монашество, если спасется. Его ладью прибило к каменной отмели (луде) близ южного побережья Больщого Климецкого острова на Онежском озере, и Иван поставил здесь крест (позднее это место стало называться Крестовой лудой). Переплыв «в малой лодийце» с отмели на остров, он услышал «пресладкий» голос, повелевший ему построить на этом месте храм во имя Св. Троицы и собрать братию. На кусте можжевельника Иван увидел икону Св. Троицы, установил здесь крест и построил часовню. Затем святой вернулся в Великий Новгород, раздал свое имение нищим и принял постриг с именем Иона в одном из новгородских монастырей, после чего возвратился на остров, возвел там 2 храма — во имя Св. Троицы и свт. Николая Чудотворца «и украси их великолепием, святыми образами, книгами, ризами и протчею церковною утварью своею казною». Иона построил также братские кельи, куда переселились монахи из другого монастыря, находившегося на Большом Климецком острове близ Нятиной губы. Московский митрополит Варлаам (1511-1521) дал Ионе антиминсы для храмов и благословил его на игуменство, но святой отказался, и игуменом стал монах Тихон (согласно писцовой книге А. В. Плещеева 1582/83 г., 1-го настоятеля монастыряря звали Прохором: «А церкви поставленья и церковноя строенье: образы, и книги, и свечи, и колокола — прежнего строителя Ионы да игумена Прохора»).

Одно из самых ранних упоминаний Клименецкого монастыря содержится в записи в рукописном Евангелии-тетр: «В лето 7029 (1521) месяца июня 12 купил сие Евангелие себе старец Харитон, пустынник с Онегаозера, от Троици Живоначалные, ис Климячь, в Ферапонтовы пустыни на Белеозери у Тимоф[е]я у Тимофиева сына. А писал сие Евангелие Тимофеи сам своею рукою. А хто учнет сие Евангелие у себе держати, и вы, господине, Господа ради помяните в святых своих молитвах. А дал на нем рубль» (РНБ. Погод. № 153. Л. 269 об.). В записи назван один из первых насельников обители — старец Харитон, также сообщается о том, что в 1521 г. в мон-ре уже существовал Свято-Троицкий храм (согласно др. записи в той же рукописи, храм был освящен 9 окт. 1541, возможно, после возобновления). В описании Клименецкого мон-ря 1563 г. упомянуты Свято-Троицкая и Никольская церкви.

В Житии рассказывается, что Иона пожил в обители «немалое время», преставился в 70 лет и был погребен справа от Никольской церкви. Имя Иона записано в синодиках Клименецкого мон-ря XVII-XVIII вв., где он назван схимонахом.

Почитание Ионы началось вскоре после его смерти. Согласно Житию, ученик Ионы игумен Дионисий ок. 1540 г. поставил над его могилой часовню. В 1675 г. на месте ветхой часовни была построена новая. Монастырю покровительствовала имп. Елизавета Петровна: в 1743 г. на ее средства в С.-Петербурге была изготовлена медная чеканная рака, установленная над погребением Ионы; в 1756 г. над могилой святого на деньги, пожертвованные императрицей, вместо часовни построили каменную церковь во имя праведных Захарии и Елисаветы (освящена в 1757 — РГИА. Ф. 796. Оп. 38. Д. 59). В документах Новгородской консистории нач. XIX в. упоминается «медная чеканная рака над телом преподобного Ионы, бывшего начальника и основателя того монастыря» (ГАНО. Ф. 480. Оп. 1. Д. 1949. Л. 12). Она располагалась на северной стороне храма во имя праведных Захарии и Елисаветы, который в XIX в. неоднократно ремонтировался (в 1840 полностью отремонтирован и заново освящен, в 1857 расписаны внутренние стены и своды). При раке находилась икона Св. Троицы, по преданию явленная преподобному после его чудесного спасения от бури. В 1870 г. над местом погребения И. была установлена серебряная рака под резным вызолоченным балдахином (НАРК. Ф. 25. Оп. 1. Д. 79/38).